自学考试每年可报考两次，而成人高考函授则为一次。自学考试无学制限制，考生可根据个人情况决定完成专业课程所需的年限并申请毕业，而函授专升本则最短需时2.5年。
两者之间的差异在于入学考试。函授专升本要求考生通过成人高中教育并取得相关毕业证书，之后还需被学校的继续教育学院录取，因此入学要求比较高；而自学考试本科一般没有入学考试，考生直接学习即可，完全凭个人努力。
另外，学习方式也有所不同。函授专升本通常采用面授形式，学习和考试需要由学校组织，而自考则完全依靠个人努力完成学业。
报考条件也有差异。自考本科无需前置学历，但毕业时需提供专科证明才能颁发本科证书；而函授本科需要具备国家认可的大专学历方可报考专升本。
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